Когда копируешь чьи-то исходники, в папках лежат .depend файлы с путями до ...
make clean их не трогает, как их "обновить"?

удали эти файлы и они будут сгенерированы заново
они получаются при компилировании исходников с ключом -MD

Сейчас так и делаю, но больно муторно ...
Странно, мой gcc 3.4.4 не понимает ключа MD

Так подточи под себя makefile, добавь в clean стирание файлов зависимостей.

Странно...
Посмотри в makefile как же тогда создаются файлы зависимостей, их можно получать и при помощи отдельной утилиты makedepend.

обычно в Makefile добавляют ключ

.depend:

rm -f .newdep
mkdep -a -f .newdep {$CFLAGS}
rm -f .depend
mv -f .newdep .depend

ключ будет выполнен при вызове make depend

ЗЫ можно добавлять разные флаги, как-то изменение переменных для make, gcc Итд., итп. Естественно можно добавить ключ .clean для стирания всего ненужного.

например обычно компилляция производится так:

make clean && make depend && make - почистили, обновили зависимости и начали компиллировать...