Как приделать(прикомпилировать) в выходной файл файл данных? Так чтобы он попал в облать FLASH.

cat *.bin | bin2hex > file.c

Хотелось бы как то прикрутить его в section_placement файл (чтобы он попадал с секцию CODE после програмного кода), и в программе использовать указатель на начало секции. Какие есть мысли?

http://srecord.sourceforge.net
Умеет генерировать в том числе и asm-файл с директивами секций и метками (два варианта - с RSEG и .text), С-файл с массивами (но надо или перед сборокй допиливать напильником полученный файл на тему __flash/PROGMEM, можно sed-ом/gawk-ом автоматизировать), или допиливать сам srecord, чтобы можно было какие-то расширенные ключи или, ещё лучше, шаблон С-файла подсовывать.

ясно, я догадывался что без напильника тут не обойтись
сгенерировал массив, вставил в код, и выяснилось что что C-компилятор (CrossWorks AVR 1.4) не переваривает массивы > 32767 байт:
const char my_array[N]={n1,n2,...nN};//где N>32767 - ОШИБКА!

это во всех версиях так, ило что то где то надо включить, чтобы компилер это переваривал?
ещё заметил такой момент, линковка при использовании больших константных массивов занимает много времени - минут этак по 5-10! это глюк?

Это во многих компиляторах так. Разность двух указателей (тип ptrdiff_t) должна работать в пределах массиваи она знаковая. Обычно ptrdiff_t (stddef.h) за-typedef-лен как int (бывает как long), если int 16-битный, то разность двух указателей лежит в пределах +32767..-32768 и размер массива не может превышать 32767.

Обход сего дела если и есть, то это компиляторо-зависимая вещь, ничем не могу помочь.