Добрый день. В spartan2 имеются специализированные контакты ввода/вывода IRDY и TRDY
про которые сказано что их следует использовать в том случае если используется ядро PCI от Xilinx. Я использую ядро от SET. Так вот мне при разводке платы удобнее назанчить свои контакты IRDY и TRDY. Можно ли? И счем это связано назначение выводов IRDY и TRDY на микросхеме для ядра от Xilinx???

Имхо, если не пользуете ядро от Xilinx, то это не критично, но тот же SET
IRDY/TRDY тоже вроде заводит на эти ноги. В доках ничего не встречалось чем эти выводы особенны. Кстати, если ядро открытое - посмотрите что в нем управляет этими сигналами.

Если запустите FPGA Editor и зайдете внутрь IOB (TRDY и IRDY), то обнаружите дополнительный выход, а если далее отследите связи, то обнаружите функциональный узел "PCI Logic", о котором в официальной документации ничего не сказано (по крайней мере я ничего не нашел).
Что касается использования других контактов, то без сомнения можете использовать (я так и делаю).