Хотелось бы узнать, какие классы и ограничения надо задать в CES и какие команды дать автотрассировщику.

Все цепи одной шины в один класс. Ограничения на ваш выбор. Последовательность соединений пока только MST.
Путь шины может быть сгруппированный и нет, второй для мест где можно сделать выравнивание.
Алгоритм Bus_Route.
www.megratec.ru/data/ftp/exp_movie/new/Bus_router.avi

У меня в меню Place команда Bus Path не подсвечена и в Автороутере нет в списке такого алгоритма - Bus_Route. Чего-то надо еще сделать?

Шины в CES определили?
Лицензии Topology_Planer(Router) включили?

1. Как лучше оттрассировать шины, в которых нетлайн перекрещиваются(расположение пинов на корпусе и разъеме такое)?
2. Если таких шин со скрещивающимися нетлайн 3?
3. Если требуется выровнять длину проводников в шине и между шинами по длине?

Ну так сами поэкспериментируйте - абсолютных решений не бывает, все зависит от конкретных условий.

Следующие вопросы:
1.Можно ли средствами Экспедишн посчитать задержку распространения сигнала на известной частоте по проводникам шины при известной разнице в длине проводников?
2.Допустимо ли пересечение проводников шины расположенных на разных слоях, если между ними есть земляные экраны?
3. На основании каких данных выбираются зазоры между проводниками в шине, между шинами?
3.Допустимо ли использование сглаживания проводников в виде серпантинов и прочих изгибов особенно на ВЧ? Там ведь, наверное, изменяются реактивные характеристики цепи - индуктивность, емкость, которые влияют на сам сигнал?

Такие вещи определяют через моделирование - Hypelynx или ICX_Pro.
Тренинг по HL переведен, там есть многие ответы, в том числе есть и пример как собственная наводка (на змеевидной трассе) влияет на сигнал (Пример #11-2 – Собственная Наводка).

Скажите пожалуйста, в каком пакете работает алгоритм bus_route. У меня его нет в автотрассировщике. Можно ли другим способом трассировать bus? И как задавать параметр выравнивания длины проводников в buse.

1. Уже сказано здесь.
2. В ручную - выбрать все и Plow
3. Как и для цепей не входящих в шину.