Все, что я рисую в Capture, попадает в нетлист и будет разводится. А как нарисовать схему блока, т.е. блочные разъемы, провода идущие к платам, разъемы на платах, а платы чтобы были отдельными объектами с разъемами на них?

В netlist попадает только то, что присутствует в корневой schematic и далее по иерархии вниз. Если делается отдельный schematic, не входящий в иерархию, то эти детали присутствуют только на картинке. Единственно, с чем придется позаморачиваться - так это с перечнем элементов по умолчанию туда попадает все. Можно при выводе отметить нужные schematic и при формировании пречня нажать кнопочку selected. Но каждый раз ручками.

Поддерживаю (такой вариант работает).
Но сам делаю иначе - просто каждая плата - отдельный проект (файл *.DSN), и общие схемы (по которым не будут делаться платы) - отдельный проект (файл *.DSN, возможно - с несколькими схемами, здесь это уже не важно), без всяких извращений с корневыми схемами в иерархии.
А вся информация по отдельно взятому изделию/прибору - это не один проект/файл, а одна папка с файлами.