При помощи подачи AT-команд из Atmega16 конфигурирую GSM модуль от Siemens.
Модуль мне отвечает OK , Error, ^Sysstart и т.д.
Ответ модуля может иметь разную длину, как мне узнать когда он заканчивается т.е. сколько байт считывать?
Например, на подачу команды AT модуль отвечает OK, если посмотреть в ASCII дестичный код, то будет 13,10,79,75 (13-перевод курсора в начало строки, 10-переход на новую линию)
Непонятно сколько мне байт считывать?

А у модуля эхо случайно не включено? Возможно символы <CR><LF> перед OK это остатки возвращенной модулем вашей команды. Поэтому эхо наверно лучше выключить.
А об окончании ответа модуля можно узнавать по символу CR, идущему в конце ответа, например, ERROR<CR><LF>.

Обычно, ответ модуля имеет вид:

<CR><LF><response><CR><LF>

т.е. если перед <CR><LF> ничего нет, то пропустить <CR><LF>, если - что-то есть, то это "что-то" ответ модуля, а <CR><LF> и будет признаком окончания ответа.