Непомогает

Имеется ли JTAG Debug модуль у Вашего процессора? Загрузка кода происходит по JTAGу. И для этого FPGA уже должно быть сконфигурировано Вашим проектом, содержащим NiosII (с JTAGом).
Если JTAG'а у Вашего процессора нет, то для такой короткой программки можно сделать вот что.
Расположите память программ (сегмент .text) в Оn-Chip RAM. Убедитесь, что после компиляции в NiosII IDE в папке с квартусовским проектом появился файл onchip_memory.hex. Если он там есть, то перекомпилируйте проект в квартусе. При этом компилятор подхватит этот файл, и у Вас создастся sof, который будет содержать блок памяти уже инициированный Вашим исполняемым кодом. Заливайте этот sof в FPGA и проверяйте, чего оно там делает.

Ну и еще, мое личное имхо по теме.
Изучать что-либо "от Адама", задавая вопросы на форуме - это моветон. Ничего, кроме раздражения такой подход у большинства участников не вызывает
Вся необходимая литература по NiosII и иже с ним (как по аппаратной, так и по софтверной части)имеется там : http://www.altera.com/literature/lit-nio2.jsp
и там : http://www.altera.com/literature/lit-sop.jsp
Изучайте!
А что будет непонятно, уточняйте здесь

2 Stewart Little - золотые слова....

2 Moderator
предлагаю банить за такие ответы-уточнения-вопросы
ридонли на пару дней для прочтения документации

Полность согласен, но банить надо не только за подобные "ответы-уточнения-вопросы", но и за открытие подобных тем. Это в чистом виде борзость задавать безграмотные вопросы, не удосужившись хоть мельком посмотреть форум. Сколько раз говорилось, что RS232, RS422, RS485 и им подобные никакого отношения ни к одному из процессоров не имет - это спецификации физического протокола (уровни, фронты и тд и тп), а здесь еще и С приплетен, и SOPC Builder .... Чего челу надо - фиг поймешь