Почему при прогоне программы в симуляторе операция FIOxPIN = n меняет значение регистра FIOxPIN в окне регистров, а FIOxSET = n - не меняет? (равно как и FIOxCLR)

Сейчас нету под рукой мануала, но если память не изменяет эти регистры токо для записи.

Потому что в симуляторе ИАРа периферия не симулируется. Таймера не щелкают, прерывания не вызываются, биты автоматически не сбрасываются/устанавливаются. Вся периферия там выглядит просто как память.

Добавлю - и правильно делают, что не симулируют, зато есть много более полезный механизм скриптов позволяющий действительно попробовать хоть сколь-нибудь реальные программы а не "отлаживать" махание ножкой.