Хочу сделать pad под кварц с несколькими отверстиями ( плошадка на которой лежит корпус резонатора ). Если сипользовать multiple drill, то для каждого отверстия на слоях bottom и internal нельзя поставить индивидульно thermal relief , flash. Как быть ?

Рисуй отдельно,
т.е. создай необходимый флеш символ (*.fsm),
а потом подгрузи его в pad_designer -е на требуемые слои.