У меня AD6.9, но товарищ проверил на Summer 08 и все повторилось.
Столкнулся с очень неприятной проблемой - неверным формированием NC Drill для групповой заготовки, сформированной с помощью Embedded Board Array.
Я начал постепенно удалять с платы все элементы, пока не дошел до четырех крепежных отверстий по углам платы и одного переходного отверстия. Если удалить это переходное отверстие, глюк пропадает, если оставить не его, а какое-нибудь другое отверстие - глюк будет продолжать иметь место быть

Итак, по порядку. На первом рисунке - одиночная плата. Четыре крепежных отверстия расположены по углам.
На втором рисунке - сборка из 6 плат (два массива по три платы, второй - повернут на 180 градусов).
Два нижних переходных отверстия на правой нижней плате присутствуют (выделены красным).
На третьем рисунке - NC-Drill. Ну и где отверстия????? Два отверстия "съехали"

.
Самое интересное, что, в зависимости от количества объектов на плате, расстояние, на которое "съезжают" отверстия оказывается разным. Больше того, изначально, пока все компоненты еще были на местах, "съехало" только одно крепежное отверстие, и выяснилось это, увы, только после изготовления платы

Кроме рисунков прилагаю "урезанный" проект со всеми настройками, по которым я формировал NC Drill. Впрочем, я пробовал при разных вариантах настроек - дефект все равно повторяется

Это плохой глюк, ведь доверие к продукту пропадает
Эскизы прикрепленных изображений