если я через мегаомный резистор буду подавать на входы переменку 12-15 вольт все буит ок?

Я бы поставил делитель, и между входом МК и землей поставил бы стабилитрон

Посмотрите электрические характеристики входного сигнала компаратора, который Вы используете (встроенный либо внешний), а дальше сделайте как спосоветовал Pyku_He_oTTyda поставив делитель (если для этого нет других ограничений - 'по согласованию нагрузки') и выбрав стабилитрон который бы ограничивал входной сигнал превышающий допустимое входное напряжение компаратора.

вот здесь
http://www.telesys.ru/projects/proj022/index.shtml
есть первая схема на которой ко входам компаратора сделано подключение как я описал, используется для ловли перехода через 0
а в datasheet на AVR ничего не сказано про входные уровни компаратора, или я не нашел

В такой схеме для защиты используются внутренние диоды самого процессора - это не лучьшее решение. так что стабилитроны сдесь самое то.
А по поводу входных данных компаратора:
Это ноги порта, стало быть и параметры надо смотреть для порта. т.е. стандартные VCC+0.5В и GND-0.5В

Совершенно согласен. Я для защиты использую диоды шотки BAT54S. Очень удобная вещь: в одном корпусе SOT23 2 диода шотки и стоит не дорого.

Посмотри http://www.atmel.com/dyn/resources/prod_do...nts/doc2508.pdf
Там примерно так и сделано, только на ограничительные диоды МК подаётся 220В

но это не рекомендуют как я понял?! Почему же тогда производитель приводит такие схемы?!
Если при такой схеме включения я буду подавать 12-15 вольт переменки и буду применять внешние защитные диоды так можно?!

Потому что производителю важно сэкономить и кроме того возможны ремонты за отдельные деньги.
Вы можете выбрать любой вариант, просто если без защиты и вдруг питание на проц пропадет мы получим питание схемы через внутренние диоды, а что при этом произойдет? - надо попробовать. У Вас есть лишний проц
В приведенном варианте есть два пути, как ответили выше
1. Вставить стабилитроны на 3.3 ... 4.7 В анодом к корпусу а катодом на землю, и еще для гарантии паралельно к нему шоттки катодом к ноге и анодом к питанию Резисторы посчитай по току стабилитрона
2. Добавить защитные диоды один катодом к питанию и анодом к порту, а другой катодом к порту и анодом на землю. Но только обязательно Шоттки.
Кстати один из диодов в схеме уже есть, если качество разводки позволит снимать 0.3...0.4 В. Резисторы считай по току диодов.

Очепятка. Катод стабилитрона следует установить на ногу процессора

и анод шоттки в первом варианте на корпус.
Да что-же это со мной такое...