Доброго времени суток!
Покритикуйте, пожалуйста, схему.

нет подтяжки RESETa (на +5В 4к7).

Резистор есть в супервизоре

Есть, только номинал очень большой (около 50кОм)


из мелочей: сигналы с энкодера подтянул-бы. На КАЖДУЮ пару земля/питание надо по керамике. (у вас одна керамика на 2 пары)

А чем собственно хотите управлять?

Я бы один из выходов энкодера на внешнее прерывание посадил бы. И если энкодер не оптический, поставил бы небольшой RC-фильтр.

У МК есть неиспользованные ноги, у драйвера есть ещё два канала. почему бы не использовать все 4? Обойдётся всего в 4 дополнительных диода или 2 сборки, зато можно управлять ШД.

Навскидку:
1. Смысла в супервизоре не вижу. Проще включить фьюзы BODEN и WDTON в M8
2. При этом на /RESET желателен резистор 4,7к к +5V и кондер 10нФ на GND
3. Выходы MISO, MOSI через 4,7к к +5В, SCK через 4,7к к GND. Иначе в будущем возможны недоуменные вопросы типа: "А почему у меня флэш слетает?".
4. Как уже говорились, выходы енкодкодера лучше подтянуьть резисторами 1...4,7к к +5В. Они как правило ОК, а надежды на внутренний pull-up мало. На пины, идущие за пределы платы, неплохо бы и какую-то защиту поставить. Сгореть ведь может, а вы на программу грешить будете.
5. Не вижу питания +5В на на элементах вблизи компаратора LM339

Попробовал промоделить защиту по току, у меня всегда на выходе не больше 50мВ...
Честно говоря, не понял как это всё должно работать.

Вместо LM339 поставил на модели ОУ (LM358), на выходе появились 2.8В при токе меньше 5мА...

ЗЫ: это при питании ОУ от GND и 5В

LM339 не ОУ, это компаратор с открытым коллектором, LM358 - ОУ с нормальным выходом.
На схеме ошибка. Нет +5В сверху для запитки.

Управлять буду серводвигателем, и так как схему собираю для обкатки концепции, то и канал пока задействую один. Энкодер будет оптический, но резюки добавлю. По даташыту на DS1813 сопротивление резюка 5,5 кОм. Насчет питания для обвязки компаратор - недосмотрел, каюсь.

Ещё вопрос знатокам - наличие в схеме супервизора поможет защитиь от повреждения EEPROM?

А с LM339 и подтяжкой выхода к питанию резистором 10к схема зазвенела с периодом что-то около 8мкс (необозначенный на схеме C3 поставил номиналом 1000пФ, вместо светодиода - 1N4148)

Как Вам уже говорили, у mega8 есть встроенный супервизор/BOD. Внешний - совершенно излишен/дорог.
Разницу в надежности Вы вряд ли ощутите.
Супервизор однозначно решает почти все проблемы с целостностью EEPROM.
Для предотвращения повторной переразводки платы желательно обе фазы с енкодера завести на INT0, INT1, а уж будете ли Вы использовать эти прерывания - решите при написании программы.