Да, можно попробовать копировать структуры/массивы циклом, а не передавать их по одному...

Скажите, а можно-ли копировать структуры таким образом:

Или правильнее будет юзать массивы?

Дык а чем стандартный memcpy не устраивает?

Можно и memcpy. Вопрос не в том - правильно ли копировать структуры таким образом? С точки зрения языка С?

Следует уяснить себе раз и навсегда, что структура или какой-либо иной объект не является таким уж абстрактным, а занимает конкретный блок той или иной памяти размером sizeof(object) выделенный под её хранение (представление). И если Вы осуществите перенос/копирование этого блока памяти любым алгоритмом - Вы скопируете/перенесёте и это нечто... А как копировать блок памяти на С не мне Вам объяснять
while (size--) *dst++ = *src++; - тоже правильно

Можно по любому, я в своем примере просто показал что если сделать
внешнюю функцию копирования и передавать указатель на буфер и на структуру,
то gcc даже при перемешивании полей структуры в буфере будет делать
компактный код:

то есть вобще без LDS и STS и с использованием 2x указателей.

А если быть точно уверенным, что размер структуры никогда не будет равным нулю, то можно и do *dst++ = *src++; while (--size); - код должен быть еще компактнее.

Все хорошо, только если size типа char, то в этом гнусе все ломается (подробности в теме про сборки klen'а, этот гнусь тоже поломатый ). К циклу с итератором размером 2 байта тоже есть вопросы.

Это всё понятно. Но дело в том, что эти данные будут копироваться на PC в подобные им структуры.
Есть-ли гарантия того, что размер этих структур будет одинаков?
Особенно, если в структуре будут различные размеру данные?
И особенно, если учесть, что программы написаны в разных компиляторах...

Совершенно неважно какой компилятор Вы используете.
В каждом из них имеются свои средства задающие размер блока на который происходит выравнивание полей структуры.
К примеру для borland'a можно использовать прагмы или задавать через параметры проекта.

Но быть точно уверенным не всегда получается, а так я с Вами полностью согласен.

Насколько я понимаю, размер структуры никогда не будет равен 0.
Размер пустой структуры struct A {}; - 1 байт. Сделано для того, чтобы не порушить операции с указателями на массиве таких структур.

Оптимизация пустых структур идет в некоторых случаях в С++ при наследовании.
например,
struct A {};
struct B : A {};
обычно за счет такой оптимизации sizeof( B )==sizeof( A ).

Зарелизили http://sourceforge.net/projects/winavr/

Размер одной и той же структуры может изменяться взависимости от правил выравнивания (Alignment). Для 8-ми битных процов каковым есть AVR - выравнивание обычно - 1 (на границу байта).
А вот на PC выравнивание может быть 4 (на границу DWORD, Win32), 2 (WORD под DOS), 8 (QWORD под Win64).
В многих компиляторах (не только C и C++) выравнивание полей на границу байта задается ключевым словом packed/__packed. например:

__packed struct tagSOME_STRUCT
{
....
} ...;

Но может задаваться и по-другому, см. описание конкретного компилятора на тему как задать выравнивание струтуры (ключевые слова для поиска "Alignment/Align/Pack/Packed").