Вам не надо останавливать и запускать таймер. Пусть он свободно бежит, а вы используйте его модуль capture. Читайте описание на input capture unit и регистр ICR. Вам надо застатвить таймер защелкивать в ICR значение счетчика в начале и в конце импульса, а затем вычитая первое из второго получите длину импульса. Заметьте, без погрешностей из-за неодинакового времени на вход в прерывание.

P.S. и не используйте кнопку цитирования на форме ввода для оформления кода. Для оформления кода есть кнопка '#'.

Так даже красивше будет. Только в этом случае надо по любому надо учитывать переход таймера через 0.

Не забыв про бит ICES1 регистра TCCR1B...

Только с пренебрежимо малой погрешностью (1 такт максимум) обусловленной каскадом синхронизатор+детектор фронтов...

Ради интереса, какая максимальная методологическая относительная погрешность может быть при измерении импульсов длительностью 360-600мкс, при 0.125мкс на тактовый (8Мгц, Т1 от тактовой)? Если использовать прерывание по изменению уровня с запуском/остановкой таймера...

Если длительность измеряемого импульса меньше 65536 тиков таймера, то не нужно.

Учет, в данном случае, выразится в сравнении двух значений счетчика, поочередно попадающих в ICR1...

Естественно. В их вычитании.