Обязательно ли банк в котором есть входы LVDS должен быть запитан в Spartan3 от 2.5В?
Вроде как в Spartan-IIE ограничение накладывалось только на выходы ds077_2.pdf Table 1.

В Spartan3 был LVDS и от 3.3

Люди обновляйте доки с сайта производителя почаще
LVDS есть 2.5 и 3.3
а BLVDS только 2.5
есть еще LVDS_EXT это XILINX фичу замутил а спецификации нет только параметры

был LVDS 3.3!!!! ибо в ise 6.3 7.1 не наблюдается( кудато исчез).
в spartan 3 это наверно фишка мерцающий стандарт. LVPECL тоже то появлялся то исчезал. причем даташит и софт были взаимо исключающими.

Между Spartan-IIE и Spartan3 аналогий нет. Поэтому ds077_2.pdf Table 1 Вам точно не поможет. LVDS в S3 только на 2,5В - см. ds099 (для уверенности скачайте последнюю версию с xilinx.com). Инфу о LVDS_33 в S3 я не встречал...

Теперь наверное сам смогу ответить на свой вопрос :
ds099.pdf Functional Description (ds099-2.pdf)
Table 5. Table 6.
Получается для вЫходов питание VCCO только 2.5, для входов все равно
(если не применять DCI, если же применять, то тоже 2.5).

При этом атрибут IOSTANDART для ВХОДА LVDS (не DCI), исходя из Constraints Guide (cgd.pdf) прописывается как LVDS_25, т.к. других для Spartan3 не предусмотрено.

Это наверняка их маркетологи замутили, чтобы все не только S3 использовали, хотите смешанные банки (пример LVDS + LVTTL)-> берите другую более дорогую ПЛИС, ндя...