Вопрос в следующем: есть микросхема FTDI FT245RL, которая работает от внутреннего генератора(собственно говоря она и была так зашита на заводе), в силу ряда причин необходимо отключить внутренний генератор и подключить внешний. Нашел на сайте производителя application note, где написано следующее:
To disable the internal oscillator the EEPROM must be re-configured. This EEPROM modification cannot be
done using the FTDI programming utility, MPROG. The EEPROM can only be re-configured from a custom
application.

И приводится программа на С++ для переконфигурации. Допустим программу я скомпилирую, с помощью чего ее залить в EEPROM FTDI. Вообще, подскажите, кто этим занимался, что получилось в итоге.

Ну, Вы даете . Причем тут "залить" - перечитайте документацию...