Как показать контур платы на плэйновом слое?
вар.1 Слою присваивается цепь, при этом сам плэйн командой Place/Plane вводить не нужно. При этом сам контур платы обводят линиями ~ 8-40 mil. Нужно ли обводить? Может взять для гербера контур платы из слоя Board.
вар2. Для показа контура платы вводится командой Place/Plane плэйн в размер платы.

Как организовать на плэйновом слое участок свободный от меди?
С использованием только команды Place/Plane это невозможно. Как я понимаю, даже если плэйновому слою не назначить цепь и не вводить на слое плэйнов, покрывающих всю плату - то область не покрытая ни какими плэйнами всё равно будет залита медью никуда не подсоединённой. Есть только 2 способа: рисовать линии или полигоны.

Слои Plane как и слои масок инверсные. Чтобы вы не нарисовали на слое будет без меди. Поэтому участки свободные от меди делаются простым полигоном. Если нужно отступить от края платы или внутри крепёжных отверстий - делается линиями и дугами.
В Gerbere контур показывается в слое Board.

Чтобы поменять порядок слоев (power и gnd) в окне Option Layer, прийдется удалять всё с этих слоёв и вводить заново? Или как?

Под окном со списком слоев есть две кнопки - "Move Up" & "Move Down". Выбираете нужный слой и двигаете в нужном направлении. Хотя смысла в этом по большому счету никакого - какой стэк в описании зададите, такой завод и должен сделать по Вашим герберам. А как они у Вас внутри файла упорядочены никого волновать не должно.

Как правило большинство фирм принимают файлы PCada поэтому порядок слоёв имеет значкение.

в России, в остальном мире это совершенно не так.