Здравствуйте, появилась необходимость поменять Vendor Id и Product Id в AT90USB82 при чтении USB хостом дескриптора устройства. Как это сделать и возможно ли это?

Запросто. В дескрипторе DEVICE со смещением 8 - idVendor, а со смещением 10 - idProduct.

Немного не понял...Дескриптор устройства считывается хостом из микроконтроллера. Так вот задача поменять VID и PID в микроконтроллере. Они там вшиты железно или же программой микроконтроллера задаются?

Конечно программой задаются. Чтобы работало вы ведь программируете контроллер?
Или м.б. вы про загрузчик по USB? А разве в AT90USB82 он есть? Я с ним не работал, но AT90USB1287 ничего такого нет. Если вы что-то шьёте, чтобы работало - выложите здесь и я покажу, что изменить.

Пока тока начинаю программировать. Нет не про загрузчик по ЮСБ. Просто подумал, что за ВИД атмел денюжку ЮСБ.орг платит и думал, что подмена ВИД невозможна, если он железно прошит в микрухе.
Значит можно!
Спасибо =)

Атмел платит сам, и вам тоже разрешает заплатить.