Могу ли я в своем устройстве использовать USB/PCI/PCI Express разъемы не по их прямому назначению.

К примеру ставлю на плату PCI коннектор и передаю через него сигналы ISA шины. Или передавать через разъем mini-USB сигналы синхронизации между двумя моими устройствами.

Т. е. идея использовать уже готовые разъемы и кабеля (чтоб было дешевле) под передачу своих сигналов. Или за это нужно платить кому то.

Платить придется тому, кто воткнет любимую флешку в USB-разъем с 220V в Вашем устройстве

SATA разъемы и кабели использовали, никому платить в голову не пришло.
Но то было внутри корпуса. Снаружи я бы не стал по вышеуказанной причине.

Такое, конечно, исключать нельзя, но достаточно снабдить тот же USB-mini на выходе поясняющей надписью: "К приставке...", К аппарату..." или подобной и вряд ли кому то захочется втыкать свою флэшку, если он, конечно, не ассоциирует ее с аппаратом.

Все равно, как-то неправильно это. На радиолюбительство похоже

Все конечно будет внутри корпуса. Так что никто свою флешку не испортит.
В СНГ мож и не приходило в голову платить, а вот в США и Европе - не знаю пока. Это надо будет проработать

Радиолюбительство говоришь. А как на счет того, что процессорные модули для DIMM и SODIMM разъемов делают

Если используется USB, eSATA, IEEE-1394 и т.п. - то да, однозначно радиолюбительство. А вот DIMM, SODIMM, SATA и что угодно другое, не вылезающее наружу и недоступное неквалифицированному персоналу, использовать вполне можно.

Я все эти аспекты и сам прекрасно понимаю.
В озвученной мной теме не стоит вопрос радиолюбительство это или нет, снаружи это или внутри.
Вопрос стоит ПЛАТИТЬ или НЕТ.

ИМХО:
- ни разу не встречал прямых запретов на нецелевое использование
- при покупке компонентов вы не подписываете никаких договоров с комитетами USB/PCI и т.п., то есть вольны использовать их по своему усмотрению

USB-шный трезубез является платным товарным знаком. Вот его точно рисовать нельзя. А USB-шные разъёмы (без трезубца) в прикуривателях для зарядки телефонов стоят. Не думаю, что за это платят...