Поступаю также. Один в один.
Как раз для переносимости очень удобно. Чётко знаешь что этот файл придётся переписать.
Никакой неразберихи в файлах проекта у меня не возникает, так как там уже используются "осмысленные" макросы. Типа LED_ON или RG_STB. Для одного проекта (проца) может быть LED_ON единицей, для другого нулём. Это не имеет значение. Так как правится макрос, и он по макросу LED_ON загорается. (Естественно я упрощаю). Можно былобы ожидать, что этот файл большим будет, но на самом деле - совсем пустяковый. Всё сведено в одно место, сразу видны все биты и порты, видна их инициализация. Короче очень удобно.

Если разработчик работает в коллективе, то должны быть определены какие то общие правила оформления проекта. Они должны постоянно корректироваться. Разработчики должны их придерживаться. Если груповой проект, то должен составляться план поекта и какие-то доп правила оформления (к типовым правилам).

Макросы - это препроцессор, т.е. "до компилятора". Варианты if... и ? - компилятор. Вы лично часто изучаете листинг препроцессора? Уверен - почти никогда. Значит вы просто полагаетесь на то, что вы со своим многолетним опытом, ошибок при написании макросов не допускаете и препроцессор все сделал именно так, вы себе это представляете. А если ошибка есть, она трудноуловима (при одних данных есть, при других - нет, а еще хуже при одних типах данных - есть, при других - нет). Вам что больше по душе, чтобы компилятор вам хотя бы подсказывал про подобные потенциальные проблемы, или молча, по своему усмотрению чего-то там понаделал, а вы потом, "по вторичным половым признакам" аномального поведения программы это все вылавливали?

...и взаимосвязь со взаимоисключениями. Причем, этот файл на самом деле и внутри сруктурирован - те-же биты, хоть и для светодиодов поименованы и соответсвенно ниже по файлу, т.е. уже уровнем выше используются только эти имена. Все это хозяйство компактно, лаконично и достаточно легко изучается в том числе и глазами.

Именно так. Единственно, что я струкурирую по портам. Типа беру бит, обзываю его и объявляю макросы работы с ним с учётом специфики. Это даёт возможность не пропустить какой-либо бит. Так же комментирую этот бит если надо. С точки зрения программиста, часто схема просто не нужна. Точнее её он структурно представляет, а управление ей он читает именно в этом файле. При возвращении к проекту, чаще всего заглядываю именно в этот файл, для того чтобы вспомнить весь проект.
Кроме того с помощью условной компиляции, либо сменой данного файла, вы можете версию платы менять. Например в версии 1а сменили ноги при переразводке.