В еррате указано, что такое возможно, если одно из питаний приходит позже другого, но это, мол встречается очень редко. У меня это бывает на 2-х комплектах из 5. Попытался затянуть питание конденсатором, помогло, но не стопроцентно. Идеальный вариант: собрать цепочку по питанию, в которой одна удерживала бы другой при помощи шатдауна, но менять схему таким коренным образом нет времени. Может кто подскажет опробованное решение?

Попробуйте подвесить конденсатор пик 100-200 между DONE и землей. Почему так, могу только гадать, но мне помогло и очень даже.

Значит у них по этому сигналу грязь пробегает. <_<

что значит не подгружается? при включении питания нет загрузки.
А поставить супервизор?

Начнем с начала: поставил инвертор со светодиодом, как в ките, на сигнал DONE. Загрузилась, светодиод загорелся.
Так вот, иногда он не загорается, и, само собой, ПЛИС своих функций не выполняет, ибо не загрузилась.
Такой ответ Вас устроит?
Насчет супервайзера: а зачем изначально делать навороты? Такой глюки быть не должно.
P.S. Сегодня поставил 200 пик между DONE и GND. Погоняем, посмотрим.

Могу сообщить, что, похоже, помогло: пока ни одной незагрузки не наблюдалось.