если мне память не изменяет проц не флешевый, так что пока внешняя шина не поднялась он будет лежать долго и упорно. я бы все таки поставил бы проц отдельно с нужной обвязкой, а плис записал от него.

Проц не флешевый. Однако городить обвязку дорого - проще держать проц до отпускания альтерой CONFIG_DONE. ИМХО, конечно же.. Т.е. девайс, управляющий ресетом проца, держится по линии Mаnual Reset проводом от альтеры. Через 10мс после загрузки альтеры стартует проц.

вам конечно виднее, но я бы рекомендовал рассмотреть все варианты использования платы, а в особенности как вести разработку на этой плате и выбрать оптимальный, что бы потом не сыпать голову пеплом %)

как я понял цена вопроса то откуда брать клок на проц, либо с generator -> FPGA -> PLL -> DSP либо generator -> DSP, причем во втором случае ничего не мешает подать клок с этого же генератора на фпга, при этом появляется возможность шить плис с проца и сделать простой remote update. По деньгам будет одинаково. Ну в общем сами решайте %))