Подключаю альтеру через кабель от XILINX к LPT.
Вроде бы какая разница.
Разводка JTAG соблюдена.
Квартус не видит device chain.
Поигрался с настройками порта- не помогло.
Какие еще возможны варианты?

А он вообще этот кабель как байтбластер видит? Там ведь кроме четырех пинов JTAG должны еще быть перемыкашки.

Какие перемычки? Как проверить?

Работать не будет. Они об этом все позаботились, не сомневайтесь. Ну подумайте, кто же допустит, чтобы деньги ушли за просто так...
Достаньте две схемы и сравните, тогда увидите разницу...
Если умеете, то можно сделать универсальный кабель... Как amontec, Но не самом деле, проще иметь два разных...
Удачи!

Вот схемы Altera ByteBlaster и Xilinx Parallel Download Cable:
 Xilinx_jtag_cable.PDF ( 20.4 килобайт ) Кол-во скачиваний: 179

 Altera_ByteBlaster.pdf ( 354.31 килобайт ) Кол-во скачиваний: 350

У них разное подключение LPT порта, разные выводы LPT используются и даже разные микросхемы буферов.
Была тут как то тема про универсальный кабель, который может быть и тем и другим, но я думаю у вас явно не он.

Кстати, кто знает, какая правильная мода порта должна выбираться?

Реально ли передалеть под альтеру с помощью наильника, или проще самому собрать новую схему?

ИМХО проще новую собрать, т.к. там разные микросхемы стоят.

В схеме можно поменять ттл на кмоп (LS на HC )

Кстати, Alter'овский STAPL Player умеет работать через XILINX Parallel Cable (есть соотвествующий ключик). Через свой ByteBlaster он работает без всяких ключиков
Так что взаимная нелюбовь у Altera & Xilinx не такая уж и безграничная