Магнетрон можно считать в 2- и 3- мерной версии сода MAGIC. Ссылка на сайт: http://www.magictoolsuite.com/ . Проблема однако в том, что это "экспортно-контролируемый код", поэтому его официально в Россию нельзя переслать.

Магнетрон можно также считать кодом ICEPIC (3 мерный). Опять-таки, этот код разрабатывается Исследовательской лабораторией ВВС США и использовать его в России невозможно. Ссылки на сайт нет, есть несколько публикаций по расчётам магнетронов с использованием ICEPIC.

Также можно использовать коды разрабатываемые фирмой TECH-X ( http://www.txcorp.com/ )/ Это 2-мерный код OOPIC Pro и 3-мерный код VORPAL. Здесь ситуация следующая - эти разработки достаточно новые и не совсем обкатанные для моделирования СВЧ генераторов. Тем не менее также - эспортно-контролируемые.

CST Particle Studio?

В России и на Украине разными предприятиями выпускалось и выпускается немало магнетронов. Все они проектировались с помощью соответствующих кодов, которые развивались как на этих предприятиях, так и в университетах. Есть школы в Москве, Харькове, Симферополе, Фрязино, Волгограде. Для начала можно посмотреть труды конференций Кримико последних лет.