собственно это "шашечки", а не "ехать"...
но все-таки

при запуски встроенного терминала (на вкладке connections все выставляю по-моему правильно), под виндой почему-то запускается nios2-terminal.sh и при этом пишет, что не удалось подключится к порту
как-то подозреваю, что должно бы запускать nios2-terminal.exe, но где ему об этом сказать?

цепляю через FTDI эмулятор последовательного порта (RS-USB)

хе-хе, держитесь за стул:
линуксовый квартус есть ничто иное как виндовая версия, завернутая в mainwin.
среда разработки под ниос же - линуксовая (gcc,gdb и др. бинарники...) и запускается в cygwin`е.

а jtag работает?
про опции не забыли:
Connection Options:
-U, --uart connect to hardware using a UART
Connect to Hardware using UART Options:
--port=PORT full name of port to connect to (e.g. /dev/com1)
--baud-rate=RATE baud rate to connect to UART

нет не забыл, пытался и из командной строки пускать - та же фигня

на практике оно конектится у Вас?

за все время пользованием цигвином ни разу не было нужды ком-порт использовать, но вроде бы там с пермишинсами все просто - в какие-то dialup группы добавлять ненадо, доступр к /dev/com1 разрешен всем
или нет?

да, нормально. только я под линуксом. а точно /dev/com1 ? обычно у RS-USB номера 3 и выше. а на самой ftdi-шке сигналы rx/tx мигают?