Цитата(Melnik72 @ Sep 17 2009, 09:59)

После повторного включения грузиться проект из CPLD MAX II (epm3128atc100).
На эой плате связка epm3128+FT... - это USB-Blaster, через который Вы заливаете свой проект сейчас (JTAG).
После выключения питания конфигурация EP3C25 сбрасывается, а после включения циклон начинает грузиться в режите Active Parallel из параллельной флешки "Intel P30/P33 flash", а не "из epm3128".
Т.е. Вам надо залить Выш проект во Flash.
Цитата(Melnik72 @ Sep 17 2009, 09:59)

Какую микросхему памяти желательно использовать в собственных платах с Cyclone III (в даташите на нашел конкретных рекомендаций

).
У циклона 3 несколько конфигурационных схем. Самая простая Active Serial, когда загрузка осуществляется из последовательной энергонезависимой памяти (EPCS4, EPCS8, EPCS16 и т.п.).
Прочитать можно тут:
http://www.altera.com/literature/hb/cyc3/cyc3_ciii51016.pdf