Сергей! Я наконец, кажется понял твою "проблему". Линкер при указании опции -H генерит прошвку размером с выделеный ему ROM если не задавать опцию -h. Какие причины не пользоваться:

Нету проблемы!

Так мне и надо просчитать КС размером с почти весь ROM, хотя прошивка в этой версии может занимать всего несколько десятков процентов от этого размера. Если бы линкер знал, что в "пустых" ячейках лежит 0xFFFF, результаты у нас бы совпадали. Но он считает что там нули, а в реальном кристалле непрошитые области заняты единицами. Да это собственно и не проблема, а просто особенность линкера

Чвободное место заполняю нулями для
1. Как вы и сказали, чтобы и ИАР и я 0 принимали за 0....
2. Косвенная проверка что вся флеш не битая....

Ну и контрольная сумма проверяется постоянно в Идле задаче, поэтому, время при загрузке не отнимает... т.е. проверяется вся память FLASH все время во время работы устройства..

Сегодня с удивлением обнаружил, что талантливый линкер IAR AVR 5.11b считает чек-сумму и для flash'и и для EEPROM'а. Поэтому, если на стадии линковки ЕЕПРОМина чем-то забита, а в аппликейшене вы станете счтиать чек-сумму только для flash-и, то полученная чексумма не будет совпадать с посчитанной ИАРом. Они бы еще РАМ туда приплюсовали...

Лучше-бы Вы с удивлением "обнаружили" в комплекте IAR документацию на линкер, ну почитали, конечно, как можно управлять им, в том числе, и в части подсчета контрольных сумм.
-Jsize,algo[,flag[,symb[,seg[,align[,[m][#]initial]]]]][=ranges[;ranges…]]
Обратите внимание на возможность указания любого набора ranges
Кстати, линкер не только для "AVR".

Шпасибо!
Кому интересно - дока "xlink.ENU.pdf"