Камень LM3S6965.
На 100Мб работает исправно. Читаю даташит и не могу разобраться. Там вобще написано, что можно не конфигурировать PHI, а оставить все по умолчанию. В регистре Ethernet PHY Management Register 0 – Control сбрасываю бит Speed Select. Получаю линк.
Читаю данный регистр. Все нормально, скорость 10Мб. А в винде вижу скорость 100Мб. Завел на светодиод индикацию режима 10BASE, не горит. В регистре Ethernet PHY Management Register 23 – LED Configuration значение LED1 Source = 10BASE-T mode.
Как его переключить. Чувствую, что после перенастройки скорости нужно еще куда то пнуть, чтоб PHI переинициализировался, а куда не знаю...

На ADM6339 надо ещё сброс довать.
А может у теб вообще режим Hardware Config ?

Если включено Auto negotiation, а я думаю что оно включено , надо задавать режимы, в которых согласны работать в "Register 4: Auto-Negotiation Advertisement Register(ANAR)".

Да, Auto negotiation включен по умолчанию и я его не выключал.
Сейчас попробую в этом направлении покапать.

А можно подробнее про "режимы, в которых согласны работать"?

Ну, ваша PHY, скорее всего, может работать в одном из 4 режимов: 10Mb half duplex, 10Mb full duplex, 100Mb half, 100Mb full.Для каждого из этих режимов есть битик в register4. Если Вам все равно в каком режиме работать, то ставите все биты в 1. Во время Auto negotiation будет выбран один из этих режимов. Если же какие-то режимы не нравятся (по каким либо причинам), то там нужно ставить ноль. Можно, например, выключить все режимы с half duplex, или там со скоростью 100Mb. Тогда в результате auto nego будет выбра один из оставшихся режимов. Но если у Вас выключены все full duplex, а у партнера наоборот, то link поднят не будет. 

Осознание пришло. Спасибо за подробный ответ.