Возникля проблема. Есть платка со Spartan 3e. К нему подключен JTAG как на рисунке. В качестве интефейса JTAG используется схемка JTAG-кабеля по схеме Xilinx. Virtex 4 пишется им прекрасно. А Spartan не желает даже обнаруживаться! Все питания проверенны, все вроде как нужно... а не стреляет!
Что такого нужно ему еще, что не нарисованно на схемке??

Вы еще расскажите какой буфер применен в "схеме от Xilinx".
Дело скорее всего в его выходном уровне.

74HC125, кабель питается 2.5V , осцилографом смотрел сигналы, по виду нормальные и уровень и фронты

У меня 2.7 Вольта. на выходе. Кстати.
Есть такая программка universal scan. позволяет посмотреть по JTAG
текущее состояния всех ножек например ПЛИС Xilinx.

Вот universal scan я и использую, не опознает он его ни как! Думал дохлый, поменяли, та же история. Пробовал питать кабель 3.3V, с резисторами 68Ом в цепи TMS TCK TDI. До лампочки! Куда двигаться непонятно, все питания есть, что ему еще надо??

TCK рекомендуется размножать на отдельном буфере, чтобы была схема "один выход - один вход", а не "один выход - несколько входов". Это обычная ошибка в подключении JTAG-а, здесь на форуме об этом много писано. Все не задумываясь повторяют схему от Xilinx-a забывая про "signal integrity" и потом имеют проблемы.

А резисторы на входах ПЛИС-ов только вредят, рекомендую заменить их на перемычки. У Вас в JTAG-кабеле уже должны быть резисторы, их достаточно.

Имеются проблемы с работой JTAG. Плис XC3S100E-5TQ144C, Флеш XCF01SVOG20C. Плата самодельная.
Схема подключения на приложенной схеме.

При попытке обнаружить цепочку, IMPACT обнаруживает каждый раз разное кол-во неизвестных устройств, а иногда вообще повисает. К разьему JTAG подключаю покупной кабелт через небольшой переходник (5-6см), т.к. там не стандартный разъем. В принципе на другой плате, я использую похожий переходник, там проблем нет. CCLK подводится с 71 ноги ПЛИС, видимо разработчик платы углядел эту схему в мануале.

В чем может быть проблема?

Припаял подтягивающие резисторы 1к на 3,3В, тоже самое.

Проблема все таже - один клок на две нагрузки. У Вас судя по всему плис и флеш расположены не рядом. Еще хуже, если клок расходится от разъема вилкой (гораздо легче, когда клок последовательно обходит нагрузки, но и это не лучший вариант).
Можно попробовать снизить скорость JTAG-кабеля до минимальной, если не поможет - спасет только честое размножение клока на буфере. Буфер должен стоять прямо у разъема и иметь последовательное согласование.
И еще. Вообще-то JTAG с питанием 2,5В в природе лично я не встречал. Есть варианты либо 2,7В(min) либо 3,3В. Поэтому рекомендую на разъем подать питание 3,3В. Если кабель у Вас честный, то там на выходе предусмотрены резисторы, которые ограничивают ток при работе с 2,5-вольтовыми интерфейсами. Т.е. это нормальный режим работы, ничего не погорит.