Столкнулся с таким эффектом. В at91rm9200 процессоре USART1 в handshaking mode с DMA. Сигнал RTS устанавливается автоматом, когда оба DMA буфера заполнены. По теории сигнал RTS должен тотчас блокировать передачу с хоста. Но! На стороне PC, как правило, активириваны приемо-передающие FIFO. Выяснилось (http://docs.tibbo.com/taiko/index.html?ser_uart_mode.htm), что RTS передачу данных из FIFO не блокирует. Таким образом, я при приеме теряю эти самые байты. Отключение FIFO для COM в PC - не вариант.

Кто знает, как это побороть?

Только вручную, запрещая хосту передачу задолго (>60 байт) до конца приемного буфера.

Спасибо за совет. "Ручками" все получилось реализовать. Очередной пример того, что "умные" аппаратные режимы на практике такими не оказываются.