Во многих даташитах приводится по два варианта посадочных мест для компонентов: для пайки оплавлением и для волны. В случае, если предполагается ручная пайка, какой вариант посадочного места из документации предпочтителен? Полагаю, именно волна? Есть какие-то рекомендации на этот счёт?

Да, футпринты предназначенные для пайки волной больше подходят для ручной пайки паяльником, т.к. оба метода предполагают пайку торцов выводов к КП (применительно к SMD).

Приведите даташит в который смотрите - конкретней помощ будет. Для корпусов soic с индексами посадочного места N, M, L - в частности вот ЗДЕСЬ пояснено.

В качестве примера: http://www.nxp.com/documents/data_sheet/BZV55_SER.pdf

IPC-7351 подходит и для reflow, и для wave flow, и для ручной

Согласно описания IPC-7351A LP Viewer User Guide расшифровка обозначений типов библиотек будет следующая:
Density Level A: Maximum (Most) Land Protrusion
Density Level B: Median (Nominal) Land Protrusion
Density Level C: Minimum (Least) Land Protrusion
ИМХО, в стандартнйо ситуации пользуются типом N (Nominal). В случае большой плотности элементов платы - типом L (Least).