К шаговому двигателю надо подключать в разное время разный "контроллер ШД" причем делать это на горячую. Возможно ли решить данную задачу при помощи реле(или групп реле)? или при этом есть вероятность повредить контроллеры при переключении?

Сколько контроллеров ШД? Если два, то, как мне кажется, можно реле. Перед коммутацией обесточить фазные линии. Если больше двух, то может быть стоит электронную коммутацию использовать? Т.е. соорудить некоторое подобие дешифратора, где входы - фазы с различных контроллеров и входы адреса (выбора используемого контроллера), выходы - на фазы двигателя. Коммутация также при обесточенных выходах контроллеров.

надо коммутировать 3 шаговых двигателя (необходимо организовать переключение с одного контроллера на другой электронным способом) . Первое что пришло в голову реле. Но дело в том, что даже на контроллере написано что отключать и подключать ШД только при выключенном питании. Насчет подобия дешифратора, можно поподробнее на каких элементах его делать. Параметры импульсов управления ШД - размах 48V ток до 2А. Кроме того контроллеры готовые и только в одном из них есть возможность отключить драйвера.

Ничего не остается, как перед коммутацией выключать все контроллеры.

На "простой" логике, но я бы взял какой-нибудь подходящий по ресурсам МК (в первую очередь по количеству ножек). Идеальный вариант - ПЛИС.

Драйвера (силовые ключи?!) отключать не нужно. Если коммутация осуществляется при помощи реле, то выходы драйверов коммутировать прямо на необходимый ШД. Или регистрировать с них сигналы, и транслировать уже на свои драйверы, подключенные к необходимому ШД.