Вчера запускал устройство с новой партией AT91SAM9XE512 (date code 0917). Оказалось, что эта партия процессоров более критична к последовательности включения питания, чем предыдущая (0751). На плате у меня стоял простой стабилизатор на питание ядра, запитанный от тех же 3.3 вольт, что и Vio процессора. На Reset стоял супервизор, мониторящий оба напряжения. Старые стартовали нормально, новые - отказались. Сильно грелись, просаживали питание. После того, как стал включать Vio только после Vcode - запустились.
Так что соблюдайте последовательность подачи питаний!