Структура обработки прерываний STM32 основана на том, что попав в прерывание, пользователь должен определить его источник (в общем случае) и сбросить соответствующий бит, который вызвал это прерывание.

Без этого из прерывания не выйти.

А в каком регистре находится бит который ВЫЗЫВАЕТ (не разрешает!! ) прерывание от системного таймера?

Столкнулся с тем, что однажды попав в прерывание от системного таймера, оттуда не выйти.