Через сопротивление конечно, правда я уже отбросил эту обвязку
на радостях, что все зароботало, потому точно и не скажу номинал,
но это было либо 1.5к либо 4.7к. Думаю, что в любом случае это будет
мешать.Когда все зароботало я пробовал после успешной конфигурации
и инициализации мерить тестером уровень на ноге nCONFIG, так же подтянутой
к 3.3V через 10к. Так вот, ПЛИС сбрасывалась и как я понимаю,
снова входила в режим конфигурирования (на всех портах снова уровни
порядка 2.8 V). Т.е. внутреннего сопротивления тестера на пределе
10V уже было достаточно подсадить уровень единицы от 10k.
Ляпсус собственно получился из-за того, что я почему-то решил,что
CONF_DONE просто выход, позволяющий отследить факт успешной конфигурации
ПЛИС, причем с общим коллектором, потому и не заморачивался с этой обвязкой.
А на самом деле CONF_DONE двунаправленный пин.

CONF_DONE можно использовать как факт успешной конфигурации.
Я иногда использую CONF_DONE & INIT_DONE на внешнем 2И, если надо на время конфигурации и инициализации что то перевести например в Z сотояние. (Можно и светодиод зажечь)

А можно ли к пинам CONFIG_DONE и nSTATUS напрямую светодиоды подключить ? (картинка в атаче)
Или нужно ещё дополнительно эти пины через 10к к 3.3в притянуть ?

Светодиоды можно подключить, но номинал резистора настораживает. Максимально допустимый ток выхода не превышаете? Я подключаю светодиод через 1.5 кОм . Дополнительным резистором 10к притягивать надо.

Та да, с номиналами резисторов я как минимум на порядок ошибся.

Я светодиод подключаю через резистор 270 Ом.