что-то вы по-моему напутали. Давайте попробуем разобраться.
Fs0 = 294600 Гц; - исходная частота дискретизации
Fs1 = 292000 Гц; - частота дискретизации после ресамплинга
int j = int((double)i*Fs0/Fs1)-2 - индекс отсчета
исходного сигнала, соотвествующий i-му отсчету сигнала
после ресэмплингаy1[i] = farrow3(y0+j, x) - это уже рассчитанный отсчет.
Теперь важно! несмотря на то что индекс отсчета
исходного сигнала j = 100 890 для i = 100 000 -го отсчета после ресэмплинга, вроде бы больше, но частота дискретизации этого j - го отсчета выше чем частота дискретизации i -го отсчета, поэтому во времени 100 890-ый отсчет при Fs0 = 294600 будет
чуть раньше чем 100 000 -й отсчет при частоте дискретизации Fs1 = 292000.
ЗЫ если я вас окончательно запутал, то идите к первоисточнику этого кода, а именно
сюдатам вы можете задать все интересующие вопросы.