Два проца на плате.
Один проц, расположен близко к разъёму JTAG. Пашет нормально.
Второй проц находится на приличном удалении. 12см. Связывается по JTAG только на 5 килогерц. Подтяжки по 100кОм как в отладочной плате.
Чего ещё привесить? Каких-нить пикушных конденсаторов?

И они не в цепочке, я правильно понимаю?


Ну, для начала осциллографом сигналы посмотреть.

100К подтягивающие резисторы многовато будет.

Про осцилографф верно сказанно, а конденсаторы врядли спасут.
12 сантиметров для линии JTAG не очень много.
Какова длина кабеля от программатора до разъема JTAG?
Плата самопальная или заводская?