Цитата(KBAKEP @ Mar 28 2010, 21:57)

мне нужно посылать с помощью линукса команды на циклон и получать с него результаты, при этом используя usb для их соединения
У вас, что 3-й Циклоп ногами прямо к Линуксу подключён?

А если нет, то ваш вопрос надо переделать в следующий: "как работать из под Линукса с тем, через чего подключён Циклоп3?"
P.S. начать надо с литературы по ПЛИС, HDL, Кактусу - ИМХО там гораздо больше заморочек, чем в обмене данных по USB под Linux.