В ПКАДе через ЕСО можно в любой момент, правда из платы в схему куда менее удобно чем в прямом направлении.
1. Генерите нэтлист из схемы.
2. Генерите нэтлист из платы(под другим именем).
3. Запускаете утилиту NetSync и она генерит ЕСО-файл синхронизации этих двух нэтлистов.
4. Загружаете полученный ЕСО в схему.
А вот дальше проблемы начинаются... Схематик для добавляемых элементов создает новый лист схемы, вставляет на него эти элементы и подключает их портами. Т.е. синхронизация-то происходит, вот только схема в этой части совершенно нечитаемая становится

Единственное что можно сделать, это перерисовать измененные части схемы с помощью CTRL-X CTRL-V и без записи ЕСО(!), иначе каждое вырезать-вставить отобразится в плате. Потом опять придется сравнить нэтлисты и в случае если они где-то "разъехались" поправить(плату или схему, это уж как удобней будет).
В общем как-то так это можно решить.