Склоняюсь к xilinx-у. Хотя на самом деле для меня абсолютно никакой разницы нет. Мне надо всего-то написать критерии, по которым я выбрал именно эту ПЛИС из этой серии. А какие критерии важны для данной задачи - я пока не знаю

Для Вашей задачи думаю вполне подойдет Spartan 3 или Spartan 3E. Серии Virtex II или Virtex 4 скорее всего не подойдут из-за своей дороговизны.
Но чтобы сделать выбор нужна цифровая схема обработки или хотя бы какая-то структурная или функциональная схема обработки. Т.е. как Вы будете производить мультиплексирование каналов в ПЛИС.
Это нужно, чтобы определить ресурсы, которые необходимы. Ознакомитесь с микропроцессором фирмы Xilinx Microblaze. Подумайте может стоит на логике самому сделать UART(если он нужен только для приема команд) и тогда сможете обойтись без микропроцессора.

Путь номер 2: Скачать ISE 10.3 и там все разработанные блоки соединить воедино и промоделировать, можете заранее Выбрать кристалл с большей емкостью. Получить правильную циклограмму работы схемы. После этого, синтезатор сам покажет Вам необходимые ресурсы и скоростные характеристики Вашей схемы. Выбор кристалла тогда сделаете, следующим образом - чтобы Ваша логика(цифровая схема) занимала 50-60% всей емкости кристалла и Вам подходили скоростные характеристики данной ПЛИС.

PS Вы знаете языки описания аппаратуры (VHDL, Verilog) или будете рисовать в Shematic Editore?

Спасибо за помощь, теперь я начинаю читать про Spartan 3
Хочу напомнить, что про готовое изделие пока речи не идет. Это всего-лишь дипломная работа, в которой я разрабатываю концепцию устройства с небольшим углублением в элементную базу.
Язык описания VHDL знаю в рамках курса САПРа, но этого явно не достаточно.