Работаю в ISE 12.1. К выводу ПЛИС подключен простой тумблер, который эту цепь либо на 0 сажает, либо оставляет в воздухе. Вывод сконфигурирован как вход. В ucf файле на этот вход установлен pullup резистор.

Строка кода "NET "FLSH_RW" LOC = AN32 | IOSTANDARD = LVTTL | PULLUP ;"

К этой цепи ничего больше не подключено. От контактной площадки до тумблера идет провод, в разрез которого вставлен проходной конденсатор (в месте вывода провода из корпуса).
В результате при включении питания (ПОСЛЕ загрузки ПЛИС) на тумблере появляется 1,6В и стабильно стоит продолжительное время вместо положенных 3,3В. При этом если щелкнуть тумблером (замкнуть вход на землю) и вернуть его в исходное положение, то появятся нужные 3,3В. И далее все работает штатно не зависимо от количества переключений. В чем причина такого поведения? Проходной конденсатор виноват? Пока не могу проэксперементировать без него.

А зачем без, просто замкните его.

А какое напряжение на этом выводе до конфигурации? Во что установлен HSWAPEN?

Лучше всего поставить внешний pull-up резистор, так как внутренний слишком слабый (table 3, DS302). Могут быть утечки на землю в плохо отмытом после пайки конденсаторе или тумблере. А ток pull-up резистора в худшем случае всего 5 мкА.