Не знаю, сможет ли кто-нибудь помочь, контроллер не очень распространен :-) , но все же спрошу.
Сделал я себе плату на at32uc3a3256 по мотивам EVK1104 с SD разъемом, почти по схеме EVK1104 на 4-бит, только card detect и write protect на другие ноги повесил. Взял пример с фрэймворка 1.7.0 который должен через уарт выводить первый сектор карточки, скомпилировал и запустил. При вставке карточки на линии клока включается как и требуется 400кГц, а на линии CMD и DAT0 никакой активности. Понять ничего не могу, вроде под отладчиком команды посылаются, но на линии CMD весит 1 и все тут. Проверил ногодрыганием, что линии подключены нормально, кз и обрывов нет.
Да, ревизия камня - E, пользую AVR32 studio и AVR Dragon.

Пока только один интерфейс не заработал, с SDRAM, USB и УАРТ-ом проблем не было :-(

Не слышал еще, чтобы у кого-нибудь с этим были проблемы.
Там еще один пример есть из Applications, попробуйте его.

Нашел я как победить эту проблему. Пришлось уменьшить частоту периферийной шины с 48 до 24 МГц и карточка заработала. Вот интересно, как этот пример работает у других? Найти его можно в AVR32 Studio 2.6 - Example Project - "EVK1104-Components-SD/MMC card using MCI example".
Надо будет разбираться, почему с частотами PBA 48 МГц контроллер MCI вообще не дрыгает ногами.