Прошу не пинать сильно, но будет очень познавательно, если кто-то обяснит, что означают названия сигналов(ног):

VDDBU
VREF
DF_SI
WKUP

Нужно разобраться с джамперами на отладочной плате

Заранее спасибо всем ответившим.

Чтобы лишний раз не тренировать тепепатию у пользователей, было бы проще, если бы вы указали модель отладочной платы и/или привели ее схему.
По аналогии могу лишь предположить, что
VDDBU - какое-то из напряжений питания,
VREF (Voltage Reference) - вход или выход опорного напряжения МК,
DF_SI (DataFlash Serial Input) - последовательный вход данных SPI интерфейса DataFlash,
WKUP (WakeUp) - вход прерывания МК для вывода его из какого-либо режима энергосбережения.

Плата стартеркитовская: http://starterkit.ru/html/index.php?name=s...=view&id=23

меня всё же очень интересуют джамперы ног :

VDDBU
VREF
DF_SI
WKUP

и что будет если их включить/отключить.

Вот скажем читаю про VDDBU мануал Атмела:
" VDDBU - питание медленного генератора синхросигнала и части системного контроллера"

Интрересно что будет если заземлить VDDBU? И для чего это может быть нужно?

Так же и по остальным сигналам (особенно интересен WKUP)

Большое спасибо всем ответившим.

Нельзя VDDBU заземлять. Либо соедините пины 1 и 2 джампера J16, чтобы подать "набортные" 1,8В , либо подайте туда напряжение от внешнего источника, подключив его к пинами 2 и 3.
Аналогично с сигналом VREF. Либо используйте имеющееся напряжение +3,3В как опорное, соединив пины 1 и 2 дажампера J15, либо подайте внешнюю опору, подключив ее к пинам 2 и 3.
Нечто похожее с WKUP. Вы можете подключить к J11, например, кнопку, нажатием на которую выводить МК из "спящего" режима.
Насчет отключения входа SI DataFlash удалением J13 ничего сказать не могу. Задумка мне не ясна.

Это нужно, чтобы иметь возможность отключить загрузку процессора с DF. При наличии в DF корректной с точки зрения загрузчика программы, он всегда будет с ее запускать, забивая при этом на SAM-BA.

На мой взгляд было бы логичней и разумней CS отключать. Ну или выход SO. Вход-то DataFlash тут причем?

У себя я тоже блокировал CS. Но ведь на самом деле не важно, каким именно способом ломается DF Не работает - и хорошо.

Ну на стартеркитовской плате какое-то уж совсем радиолюбительское решение - "плавающий" вход у DataFlash получается при отключении джампера. Даже pull-up или pull-down резистор не поставили.