Скажите, пожалуйста, ip-ядра для работы с юсб (плис - xilinx virtex5 плата ml505 ) предполагают работу собственно с разъемом или контроллером usb. Если есть и такие и такие, то не могли бы ткнуть пальцем, какие из ядер для тех и какие для тех целей (везде имеется в виду, что плис - устройство, а не хост)?

Если речь идёт о разовом/небольшом проекте, то имеет смысл попользовать контролёр типа CY7C68013. Из него в пользовательскую сторону торчит простой интерфейс data/addr/we/rd, а детали взаимодействия с хостом определяются кодом для встроенного 8051-контроллера (в инете есть куча примеров кода). Реализовывать весь USB в FPGA - удовольствие ниже среднего и очень долгое (даже если речь идёт об использовании чего-то с opencores).

+500 CY7C68013A

Если рассматривать плату ML505 - то там имеется гемморой в ввиде USB контроллера CY7C67300.
Он медленный (Full Speed до 12МБит/с), имеет сложный интерфейс и непонятный процессор внутри с оригинальной архитектурой и системой команд.
Когда у нас встала задача взаимодействия с отладочной платой Xilinx мы тоже сначала смотрели в эту сторону. Но после 2-х недель гугления и погружения в Кипарисовскую документацию нам стало ясно что быстрее и проще с нуля 1G Ethernet поднять, чем этот Кипарис. Готовых IP ядер и для взаимодействия с ним у нас найти неполучилось. Даже непонятно было как писать прошивку для встроенного управляющего процессора, без примеров и среды разработки.

Если нужен именно USB, то можно приделать свою плату расширения к IDC разъёму ML505 c "gemmoroy-free©" контроллером CY7C68013A или чем-нибудь и продукции FTDI. В противном случае посмотрите в сторону 100/1000Mb Ethernet - тут уже IP ядра есть в EDK и на open cores.