QUOTE (MiklPolikov @ Aug 6 2010, 15:54)

В документации на AVR-JTAG-USB сказано что он будет с AVRSTUDIO работать, но в самой AVRSTUDIO его нельзя выбрать. Не будет ли тут проблемы ?
Будут, но c другим. Это клон древнего, как дерьмо мамонта, JTAGICE - его и выбирайте в этой студии. Соответственно поддерживает исключительно старье.
P.S.
Вообще-то с AVR скорее пора завязывать, нежели начинать работать.