SPI интерфейс элементарно делается на ПЛИС, я в своё время на схемном вводе с автоматом на AHDL ваял...

Второй циклон умеет обращаться на чтение/запись к своей собственной загрузочной флешке. Патчить прошивку, конечно, не стоит, но после неё выделить сектор для своих данных можно.
Смотреть AN379 Active Serial Memory Interface Controller Reference Design

p.s. собственно, запись флешки, подключенной к циклону, через подключенный к JTAG программатор, производится именно таким образом. В циклон по JTAG грузится готовая прошивка SFL, которая есть мост между JTAG и ASMI.

Впрочем, сам я так ещё не делал.

А что думаете про AT29C512? просто мне ту на работе пацаны предложили ее пользовать.. Говорят что где-то у себя в проектах её юзали, показала себя отлично!

Меня жаба задавила бы столько ног отдавать.
Страшновато лезть в загрузочную флешку - поставьте рядом что-то в духе 93C66, чьи родственнички 93C46, 93C56 издавна стоят на всяких сетевых платах для хранения настроек.
И интерфейс несложный, и всего три ноги нужно.

Одно дело ноги отдавать, и другое - приклеивать такую флешку к уже разведенной плате...
Да и разводить в условиях недостатка места (если делается заново) - не айс.

у меня 890 ногая бгашка ep2c70.... 305 ног из нее уже я занял... осталось почти 200... так что с ногами проблемм нет. ну просто я не люблю последовательность - у нас все в приборе параллельными шинами идет...

Наиболее распространённые SPI-flash/EEPROM у Atmel и Numonyx(ST), см. на сайте производителей серии 25, 93. Если устроит 25я серия, требующая постраничное стирание (т.е. если есть возможность обновлять весь блок данных), могу скинуть готовый интерфейс (писал под Altera на VHDL для M25P40). Если интересно, пишите на sajan@bk.ru

Параллельная передача данных имеет ряд недостатков, при ошибке чтения записи, наводка на один бит, приведет к испорченным данным, что не хорошо скажется на важные для безопасности вещи, а ваш проект очевидно такой.

и потом при последовательной передачи данных можно организовать контроль тип CRC, на будущее, хотя вероятность сбоя не велика, но нужно оценивать последствия такого сбоя.
на SPI интерфейс много времени не уйдет, а если у вас есть NIOS там то у ALTERы есть библиотеки с работой над конфигурационной памятью (наружной флешкой).

хм.... а вот над этим надо подумать.... просто AT29C512 физически уже есть и "интерфейс" уже для нее, в общем-то, тоже есть. Собственно вопрос уже как бы закрыт, наверное...