Система довольна простая.
1. PLL - генерирует два клока 120 МГц и 80 МГц. 120 МГц для процессора, 80 МГц для медленных периферийных устройств.
2. Ядро NIOS-II/f работает на 120 МГц.
3. Мост 120 МГц на 80 МГц. Связывает периферию и процессор.
4. Мост 120 МГц на 133 МГц. Связывает процессор и контроллер памяти.
5. Мост 80 МГц на 133 МГц. Связывает периферию и контроллер памяти.
6. Контроллер DDR памяти, DDR память работает на 133 МГц.
7. Контроллер epcs флеш памяти работает на 120 МГц.
8. Периферия - Ethernet MAC, 2 таймера, I2C, SPI, uart, jtag_uart, PIO. Все это работает на 80 МГц
9. Самописный периферийный блок - работает на 120 МГц. В составе два FIFO по 1 КБайт.
В результате получил систему равную современному микроконтроллеру на ARM9 с частотой 120 МГц

P.S. Под словом работают на частоте X - понимать тактируются частой X.