Посмотрите 10 ком на GND на входе nCE Циклона.

У меня определяется в соответствии с кнопкой. К тому, что сказал sazh - у вас случайно не длинный провод от бластера к программируемой плате. Да, и когда-то на Асексе столкнулся с тем, что при отсутствии подтягивающих резисторов для JTAG нифига не хотело конфигуриться. С тех пор даже при неиспользуемом JTAG резисторы на нем ставлю всегда.
Удачи

Провод от бластера до платы у меня 100мм, что вобщем то немного. А насчет того что нет подтягивающих резисторов, оригинальный BBII у меня эту плату шил.

А я почему-то уже было подумал, что BBII - это уже просто кабель без схемы (как было в BBMV).

to prototype

На днях попробовали jam плейер (jp_25.exe с сайта Альтеры)
для прожига epcs через jtag циклона.
@jam -aconfigure -p1 switch_1.jam
@jam -aprogram -p1 switch_1.jam
@pause
При работе с BB_MV и штатным альтеровским BBII все программируется.
При работе с самодельным "цифровым" BBII не получается.
Хотя этот цифровой BBII в активном режиме работает с EPCS.
Почему так происходит, разбираться не стал.
Но к идее создания цифрового имитатора BBII охладел.

to prototype
Ура!!! Заработала!!! Кабель по вашей схеме долго и упорно определялся квартусом только как MV при любых положениях тумблеров. Только когда оторвал 1-ю ногу 74HC244 от земли (тем самым выкинув MV из схемы вообще), он стал BBII. Пока правда, только кабель определяется, а достучаться до EPCS-ки не могу.

Не могу разделить вашей радости, оторвав 1 ногу бластер не будет работать вообще, в частности сигнал TDO не будет приходить в комп и т.д. Да, ещё момент у меня не тумблеры, а одна кнопка с фиксацией, синхронно переключающая оба контакта. У меня питание ИО на циклоне 3,3 вольта. Программируется через JTAG и грузит EPCS через отдельный разъём. Не пробовал jam плейер - не могу ничего сказать.
Удачи.

Можете повторить родной - byteblasterII.pdf или попробовать другую альтернативу - ByteBlasterII_a.pdf

Родной BBII повторить не удастся. Компараторы только пачками продаются. Дорогое это удовольствие и пока без надобности.
В схеме *a закралась ошибка (14 пин используется для выработки питания vcc1)
Я r17 соединил с контактом 2 U2A (Cyclone Chip Enable). Да и все висячие входы HC244 на gnd посадил.(HCT244 применять нельзя).

К обеим схемам я имею отношение только в том смысле что нашел их в сети, когда встал вопрос что такое ВВ II. По поводу HCT - полагаю это очевидным.