Естественно, надо голый трансивер ставить потому что.

Я уже убедился что с голым трансивером все в порядке.

- Вы их жрете чтоли?! (С)

Я имел в виду голый трансивер поставить на прием и воткнуть в компьютер.
Есть миллион и еще десяток ситуаций, в которых loopback будет работать, а с другим устройством связи не будет. И дальше двигаться неинтресно, слишком большое пространство вариантов что и почему может не работать.
Вы исходите из предположения, что неисправность вызвана использованием не нулевого трансиверного блока, а я из подозрений, что не напаяли терминаторы (если они нужны) или еще что-то не так с платой.

Ну, мне все же виднее. У меня заработало на нулевом блоке. Пришлось перепаять. Между прочим 2.5 гигабита прекрсно бегают по страшным на вид проводам.
http://77.87.39.155/DSC_3481.JPG

А остальные ноги, подключенные к PCIe (reset и т.п.)? По умолчанию они становятся в GND, при этом BIOS не обнаруживает платку.

Остальные не нужны. Для того чтобы PCIe нормально работал в режиме 1х нужно 4 сигнала.

С двумя проводками нужно очень аккуратно. Там полтора гигагерца летает, и эквалайзер в приемнике не предусмотрен. Легко канал испортить до неузнаваемости.

Гораздо сложнее чем я думал.

Не нужны, но если будут заземлены, то комп может даже не грузится.

Ага. А если +12 или +3.3 заземлить, то и загореться может.