#define TO_cnt 100000
unsigned char TimeOut;

......

void InitUART(void)
//Настраивает UART на 250000 бод   - настройки взяты  из исходника устройства, принцип общения с USART которого я хочу повторить в точности ибо работает с заточенным под него ненастраиваемым софтом
{

  DDR_RXD =0;
  DDR_TXD =1;
  UBRRL = 3;//250кБод при 16 МГц (у оригинального устройства стояло "1" - 250кбод при 8 МГц)
  UBRRH = 0;
  UCSRA = 0;
   UCSRC = (1<<USBS)|(3<<UCSZ0);
  UCSRB = (1<<RXEN)|(1<<TXEN);  
}

ubyte RcvUART0(void)
//дожидается прихода байта в UART0 и возвращает его
{
  
  ulong cnt=0;
  unsigned char dat;        
PutString("2 ");   // очередной запуск функции чтения байта - выводится символ "2"
while((((UCSRA)&(1<<RXC))==0) &&(cnt<TO_cnt))cnt++;//ждем приход байта c таймаутом // В ЭТОЙ СТРОКЕ СУДЯ ПО ВСЕМУ И ПРОИСХОДИТ ЗАВИСАНИЕ НА ВТОРОЙ ИТЕРАЦИИ БЕСКОНЕЧНОГО ЦИКЛА В ОСНОВНОЙ ПРОГРАММЕ

        if(cnt>=TO_cnt){
          PutString("3 "); //если не дождались байта по таймауту, то символ "3" появляется на экране
          TimeOut=1;
          return 0;
        }
  
    return UDR;    //Возвращаем его
}

void SendUART(ubyte data)
{
  while((UCSRA&(1<<UDRE))==0);//ждем освобождения буфера передатчика
  UDR = data;
}

void main()



{


  ubyte data;
  ubyte cnt;
  InitTFTPort();
  InitUART();                              
  SetBackLight(255);
   ClrScr();

CursorXY(100,50);
PutString("Старт");



  //ждем команду
  while(1){
  
     TimeOut = 0;  //Таймаут приема одного байта
     cnt=0;
     //Ждем, когда придет первый байт пакета
     if(RcvUART0()==0xAA){
            
        while(TimeOut==0){
         data = RcvUART0();
         if(TimeOut==0){
          // data = Send2SPI(data);
        
           if ((data == 0xFF)&&(cnt==0))cnt=10;
           if (cnt>0){
             cnt--;
             SendUART(data);
           }
         }
        
       }
  
     };
  
      PutString("1 ");   //очередная итерация бесконечного цикла - выводится символ "1"

  };
  
}

while((((UCSRA)&(1<<RXC))==0) &&(cnt<TO_cnt))cnt++;//

while(1)
{
  
  data=RcvUART0();
}

Замени лог. условие "&&" на "||" - у тебя UDR не освобождается при выходе из функции.

ubyte RcvUART0(void)
{
  unsigned char dat;  
  ulong cnt = 0;
  PutString("2 ");
  TimeOut=0;
  while(!(UCSRA & (1<<RXC)))
   {
     if(++cnt>=TO_cnt))
      {
          PutString("3 ");
          TimeOut=1;
          break;
      }
   }
  if(TimeOut) dat = 0;
  else dat =  UDR;
  return dat;    //Возвращаем его
}

while(((UCSRA & (1<<RXC))==0) && (cnt<TO_cnt))
{
dat=UDR;
cnt++;
}

#define TO_cnt 100000

#define TO_cnt 100000UL

На линии RxD у меня все время лог.1. Имеется ввиду в покое, когда пытаюсь передать что-то с компа идут импульсы. Это нормально?

ubyte RcvUART0(void)
{
  ulong cnt=0;
  unsigned char dat;        
PutString("2 ");  
while((((UCSRA)&(1<<RXC))==0) &&(cnt<TO_cnt))cnt++;
        if(cnt>=TO_cnt){
          PutString("3 "); //если не дождались байта по таймауту, то символ "3" появляется на экране
          TimeOut=1;
          return 0;
        }
    dat = UDR;
    UCSRA |= 1<<RXC;
    return dat;    //Возвращаем его
}

    return UDR;    //Возвращаем его